Binnen het Sint Franciscus Gasthuis valt de interne uitvoering van de opleiding tot medisch specialist onder de verantwoordelijkheid van het betreffende specialisme. Het opleidingsteam van het specialisme, onder leiding van de specialist-opleider, houdt zich bezig met de organisatie en coördinatie van opleidingsactiviteiten. Een belangrijk voordeel van deze opzet is dat alle leden van de Medische Staf van het specialisme expertise in de opleiding inbrengen.
Binnen het Sint Franciscus Gasthuis krijgen arts-assistenten de mogelijkheid de materie van het vak eigen te maken door middel van onder andere literatuur(studie), onderzoek en cursussen. In het Sint Franciscus Gasthuis doen jaarlijks zo'n 70 arts-assistenten praktijkervaring op. Van deze arts-assistenten zijn er ongeveer 40 in opleiding tot medisch specialist. De verwachting is dat dit aantal de komende jaren toeneemt. Het Sint Franciscus Gasthuis werkt voor de verschillende opleidingen samen met het Erasmus MC Rotterdam.
Het SFG beschikt over zeventien medische vervolgopleidingen, waarvan elf MSRC-poortspecialismen.
| Opleiding | Opleider | Plaatsvervangend opleider |
| Anesthesiologie | C. van Velzen | dr. R.L. Luitwieler |
| Cardiologie | dr. R. van Mechelen | mw. dr. A.J.M. van Miltenburg |
| Dermatologie | dr. M.C.G. van Praag | dr. M.A.M Loots |
| Gynaecologie | dr. R.M.F. van der Weiden | dr. A.Th. Alberda |
| Heelkunde | dr. G.H.H. Mannaerts | dr. A.J.H. Kerver |
| Interne geneeskunde | drs. A.P. Rietveld | dr. H.C.T van Zaanen |
| Kindergeneeskunde | mw. dr. H.T.M. Jongejan | mw. drs. A.K.E. Hoffman-Haringsma |
| Klinische Chemie | dr. J.W. Janssen | mw. dr. M.H. Beunis |
| Longziekten | dr. A. Rudolphus | dr. J.C.C.M. in 't Veen |
| Neurologie | dr. S.L.M. Bakker | mw. F.H. Vermeij |
| Oogheelkunde | dr. I.M. Gan | dr. R.L.J. van Ruyven |
| Pathologie | dr. J.A. Ruizeveld de Winter | dr. J.L. Simons |
| Plastische chirurgie | prof. Dr. S.E.R. Hovius | dr. L.N.A van Adrichem |
| Reumatologie | mw. dr. A.M. Huisman | mw. dr. D. van Zeben |
| Spoedeisende Hulp | dr. V.A. de Ridder | dr. J.M. van der Klooster |
| Urologie | dr. J.H.M. Blom | drs. E.R. Boevé |
| Vaatchirurgie | dr. A.C. van der Ham | dr. J.P. van Brussel |
| Ziekenhuisapotheek | mw. H.G. Jansen |